Au XVIe siècle, les églises Saint Jean-Baptiste et Saint Nicolas deviennent paroissiales. La Chaize-le-Vicomte possède donc, jusqu’à la Révolution Française, deux paroisses distinctes.
Outre le déclin de la vie monastique (qui disparaît bien avant la Révolution Française), les malheurs frappent durement le prieuré et l’église Saint Nicolas. Le chœur et les deux bras du transept, ainsi que le clocher surmontant la croisée du transept s’effondrent à une date inconnue mais située entre 1556 et 1701. Ces parties ne seront jamais reconstruites. Toutefois, en 1757, l’actuel clocher carré à l’angle nord-ouest de l’église Saint Nicolas est édifié.

Unique en Europe, la fonderie miniature est l'héritière de techniques séculières
qui lui ont valu le label d'excellence des savoir-faire français.